La Sinagoga de Samuel ha Leví, conocida popularmente como Sinagoga del Tránsito es la muestra arquitectónica más importante del pasado hispano-judío, y es sin duda, la pieza más significativa de todo el museo, articulándose el resto de la colección en torno a ella.
Estaba situada, como el palacio de Samuel ha Leví, en el barrio judío, cerca del límite con otros barrios cristianos del SW de la ciudad. Su exterior es de cuerpo de planta rectangular, tejado a cuatro vertientes y muros de mampostería y ladrillo con arcos ojovales en la parte superior. Su fachada principal ha sido muy alterada por las restauraciones posteriores, pero afortunadamente la conocemos gracias a un dibujo del siglo XVIII.
En el interior, la gran sala de oración es de forma rectangular. Está cubierta por una armadura de par y nudillo con tirantes dobles y ochavada, realizada en madrea de conífera (Pinus Pinaster) que constituye uno de los ejemplos más sobresalientes de la carpintería hispano-musulmana de la Edad Media española. A pesar de haber perdido parte de su policromía original todavía son apreciables los colores verde, rojo, azul, anaranjado, blanco y negro así como algunas inscripciones árabes y hebreas.
Destaca la decoración de las yeserías a lo largo de todos los muros en cintas epigráficas y decorativas que alcanzan en el muro este su máxima expresión por ser el lugar en el que se encuentra el hejal, donde en un armario especial (Aron ha-quodes) se guardaban los sefarim o rollos de la ley.. Es otro ejemplo de la eficacia alcanzada por los alarifes mudéjares que dieron forma en el yeso a un sin fin de tallos, frutos, flores, dibujos geométricos, temas heráldicos, columnas, capiteles e inscripciones hebreas a las que después aplicaron una capa pictórica en tonos verdes, rojos, azules, negros, blancos que debido a las restauraciones poco controladas ha perdido parte de su policromía original.
La galería de mujeres con entrada independiente corre casi a todo lo largo del muro meridional y ocupa la planta primera sobre el actual vestíbulo ; cuenta con cinco grandes ventanales que dan al interior de la sinagoga para poder seguir el culto. Alrededor de esta sala en su parte superior se han conservado restos de sus yeserías decoradas y de inscripciones hebraicas en franjas y cintas epigráficas como en el resto del templo : estrellas e inscripciones cúficas se alternan junto a óvalos sin decoración.
Los Caballeros Calatravos al recibir la antigua sinagoga mantuvieron el edificio durante algún tiempo en su estado original, haciendo únicamente algunas pequeñas modificaciones para su utilización.
A partir de su uso como iglesia se realizaron algunos cambios. Así se construyó un altar, delante del hejal, que estaba revestido de azulejos de diseño mudéjar -lazo de 16- el mismo sistema que se emplea en gran parte de la decoración de los bancos laterales que se construyen también a finales del siglo XV. El más sobresaliente es, sin duda, la pequeña puerta de acceso a la sacristía, ornamentada con formas típicas del Renacimiento, en el llamado estilo plateresco. Dos pilastras sostienen un ancho friso en cuyos extremos se hallan sendos escudos. Por encima, un frontispicio curvo situado entre dos candelabros, cobija las armas de los Guzmanes. La decoración realizada con molde de yeso, recubre todo el espacio como es característico de este estilo. La inscripción que corre por encima del vano nos indica quien fue su autor : Xroval de Palacio me ficit (Cristobal de Palacios me hizo).
Al lado de esta puerta se encuentra un arco que cobija un altar. La estructura sigue siendo muy sencilla y la ornamentación está realizada, de igual forma que en el vano anterior, con moldes de yeso.. Un escudo ovalado es sujetado por dos tenantes, cuyos cuerpos se convierten en su mitad inferior en elementos vegetales. Este altar también fue construido durante el siglo XVI. Y en él fue instalado el cuadro, que da el nombre actual a la sinagoga, representando el Transito de Nuestra Señora (hoy en el Museo del Prado), realizado por Diego Correa de Vivar, pintor de la escuela toledana de los siglos XVI-XVII, por encargo del caballero calatravo don Francisco de Rojas, que aparece como donante.
La tapicería que adorna los muros no es original. Fue realizada en los años sesenta, -gracias al generoso donativo de la familia Pinto-, de color oro viejo, en seda e inspirada en un tejido mudéjar hallado en una de las tumbas del Monasterio de las Huelgas de Burgos., incorporándole un motivo judío el magén David o estrella de seis puntas.
Junto a esta gran sala de oración se hallarían las habitaciones con que la sinagoga contaría para el estudio, la yesibá o escuela de formación religiosa. Las excavaciones arqueológicas han sacado a la luz en esta zona una habitación abovedada recubierta enteramente por baldosas que pudo servir como gueniza, lugar en el que se guardaban los antiguos libros religiosos ya inutilizados para el culto. En el patio posterior al muro este han aparecido varios pozos y aljibes anteriores a la sinagoga.
El empleo de inscripciones fue un rasgo característico del arte mudéjar de los siglos XIII al XV. Uno de los últimos estudios realizados sobre el tema, por el profesor Cantera ha dividido estas inscripciones en dos grandes grupos :
Históricas
Bíblicas
A su vez las históricas pueden subdividirse en :
a).- las que nos proporcionan datos sobre el mobiliario y las dependencias de que estaba dotada la sinagoga : bimá, tebá o tribuna, rollos de la ley, coronas, páteras, lámparas, la bet hamidrás o escuela donde se realizaban estudios religiosos.
b).- de alabanzas a Samuel ha Leví y al rey don Pedro que autorizó la construcción y a quien denomina magna águila de enormes alas..
Las bíblicas ornamentan a modo de marco el frontal y las guirnaldas decorativas de ataurique y de lacería de los laterales y el muro oeste de la Sinagoga. También adornan la galería de mujeres, y son todas ellas textos tomados del libro de los Salmos, Crónicas, Reyes y Éxodo.